VARIATIONSATLAS WERKSTATT 1.0
Portable Browser-Anwendung fuer Windows, macOS und Linux

STARTEN
1. Das ZIP vollstaendig entpacken.
2. Variationsatlas.html per Doppelklick in Chrome oder Edge oeffnen.
   Unter Windows kann alternativ Starten.cmd verwendet werden.
3. Keine Installation, kein Python, kein Server und kein API-Schluessel erforderlich.
   Die HTML-Datei enthaelt die Anwendung und das Hai-Rochen-Beispiel vollstaendig.

ARBEITSABLAUF
1. TIERLISTE
   Pro Tierart oder Tiergruppe eine Zeile anlegen. Deutsch, Englisch und Latein
   koennen gemeinsam ausgefuellt werden; mindestens ein Name reicht.
   Die Vergleichsgruppe bestimmt spaeter die Farbe, nicht die Punktposition.
   Zielbelege legt den Recherchewunsch fest, nicht eine Zahl erfundener Tiere.
   Insgesamt werden maximal 120 Belege und 20 Vergleichsgruppen unterstuetzt.
   Mit "Mehrere Zeilen einfuegen" funktioniert folgendes Format:
   Deutsch; Englisch; Latein; Vergleichsgruppe; Zielbelege

2. KI-AUFTRAG KOPIEREN
   Auf "KI-Auftrag in die Zwischenablage" klicken und in eine KI einfuegen,
   die wissenschaftliche Quellen recherchieren und Daten analysieren kann.
   Die Anwendung ruft selbst keine KI auf und uebertraegt nichts automatisch.
   Falls automatisches Kopieren blockiert ist, erscheint ein markierter Text:
   mit Strg+C kopieren. Der Auftrag laesst sich auch als JSON-Datei speichern.

3. KI-ANTWORT
   Die vollstaendige JSON-Antwort in Schritt 2 einfuegen, oder eine JSON-Datei
   oeffnen. "JSON pruefen & Karte erzeugen" startet Pruefung und Berechnung.
   Bei Formatfehlern wird eine konkrete Fehlerliste angezeigt. Mit
   "Korrekturauftrag kopieren" kann die KI die Antwort nachbessern.
   Fehlende Belege oder Messwerte sollen offenbleiben, nicht erfunden werden.

4. KARTE
   Zwischen Phänotyp, DNA und einer gewichteten Kombination wechseln.
   Der DNA-Anteil ist frei einstellbar. "Neu berechnen" uebernimmt ihn.
   "Weiche Raender" beeinflusst die Glaettung der Farbflaechen.
   Ein Klick auf einen Punkt zeigt Namen, Probenkennung, Datenebene,
   Originalquellen und die naechsten Nachbarn im urspruenglichen Datenraum.
   Vergleiche dabei nicht nur scheinbare Nachbarschaften auf der 2D-Karte.
   Mausrad: zoomen. Gedrueckte Maustaste: Karte verschieben.
   Gruppen koennen in der Legende ausgeblendet werden. Ihre Koordinaten,
   die der verbleibenden Punkte und der Referenzmassstab bleiben erhalten.

5. SICHERN UND EXPORTIEREN
   "Projekt speichern" sichert Tierliste, Antwort, Datensatz, Einstellungen
   und die berechneten Koordinaten in einer Projektdatei.
   "Projekt oeffnen" stellt diesen Stand wieder her.
   Der Browser versucht ausserdem, lokal einen Zwischenstand zu speichern.
   Das ist von Browser und Dateipfad abhaengig: Projektdateien sind die
   zuverlaessige und uebertragbare Sicherung.
   PNG und SVG exportieren die vollstaendige Referenzansicht mit den aktuell
   sichtbaren Gruppen. Zoom und Verschiebung werden fuer den Export ignoriert.
   SVG enthaelt Punkte und Beschriftungen als Vektoren und die Farblaeche
   als eingebettetes Rasterbild.
   "Koordinaten / Distanzen" startet zwei CSV-Downloads. Gegebenenfalls muss
   der Browser mehrere Downloads fuer die lokale Anwendung erlauben.
   "Datensatz speichern" exportiert die verarbeitete KI-Antwort.

ENTHALTENES BEISPIEL
Der Knopf "Beispiel: Haie & Rochen" laedt 30 reale oeffentliche Sequenzbelege
und zugeordnete anatomische Art-/Gattungsprofile aus unserer bisherigen Karte.
Das Beispiel ersetzt die aktuelle Eingabe; vorher gegebenenfalls ein Projekt
speichern. Als separate Datei liegt Beispiel_Haie_Rochen.json bei.

Genetik: 628 gemeinsame eindeutige Positionen des mitochondrialen COI-Gens.
Anatomie: 142 publizierte Charaktere, in der Auswahl 122 variabel.
Die anatomischen Profile wurden nicht an denselben sequenzierten Tieren erhoben.
Ein Beispielbeleg besitzt keine individuelle Kennung im urspruenglichen Eintrag.
Die Quellen und Einschraenkungen sind in der Anwendung einsehbar.
Morphologische Datengrundlage:
https://doi.org/10.3390/d14060456
NCBI-Datensaetze: accession-spezifische Links in Beispiel_Haie_Rochen.json.

DATENFORMAT
Die Anwendung erwartet schema_version = "variationsatlas.data.v1".
Das konkrete Antwortschema und alle Regeln werden automatisch im KI-Auftrag
mitgeliefert. Datenbloecke sind:
- records: konkrete Individuen oder Belege, Namen, Gruppen, Datenebene, Quellen.
- phenotype_features: numerische oder nominale Merkmale mit belegten Werten.
- genetic_blocks: bereits gemeinsam ausgerichtete Sequenzen desselben Markers.
- distance_blocks: optional publizierte oder tatsaechlich berechnete Matrizen.
- sources: eindeutige Quellenkennungen, Titel und HTTP-/HTTPS-Links.
- limitations und unresolved_requests: offene Fragen und fehlende Daten.

Die Anwendung prueft Struktur, Kennungen, Quellenverweise, Sequenzlaengen,
Matrixsymmetrie und weitere technische Bedingungen. Sie kann nicht automatisch
pruefen, ob eine verlinkte Quelle die von einer KI behaupteten Werte wirklich
belegt. Plausibel erfundene Daten werden durch eine Formatpruefung nicht sicher
erkannt. Die Recherche und ihre Quellen muessen fachlich geprueft werden.
KI-Texte werden als Daten behandelt und nicht als Programmcode ausgefuehrt.

BERECHNUNG UND GRENZEN
- Numerische Phänotypmerkmale: Differenz geteilt durch die beobachtete Spannweite.
- Nominale Merkmale: Unterschied 0/1; polymorphe Zustaende werden als Mengen
  ueber ihre Schnitt- und Vereinigungsmenge verglichen.
- Fehlende und nicht anwendbare Werte bleiben null. Sie werden nicht durch
  Mittelwerte, Zufallswerte oder kuerzeste Wege ersetzt.
- DNA: unkorrigierte p-Distanz der gemeinsamen eindeutigen A/C/G/T-Spalten
  innerhalb eines vorliegenden Alignments. Die Anwendung richtet DNA nicht
  selbst biologisch aus. Mindestumfang: 20 gemeinsame eindeutige Positionen.
- Variable Merkmale werden gleich gewichtet, sofern kein anderes positives
  Merkmalsgewicht angegeben ist. Vollstaendig konstante belegte Merkmale
  duerfen als identische Auspraegung vorliegen; eine rein identische Distanzmatrix
  erlaubt jedoch keine unterscheidbare Karte.
- Jeder Distanzblock wird durch den Median seiner positiven Paarabstaende
  normiert. Mehrere Bloecke derselben Modalitaet werden nach ihren Gewichten
  gemittelt. Ueberlappende Marker sind nicht mehrfach einzureichen.
- Die Kombination der Modalitaeten erfolgt mit dem gewaehlten DNA-Anteil.
  50:50 ist eine Modellentscheidung, keine biologische Naturkonstante.
- Wenn fuer die gewaehlte Ansicht Paarabstaende fehlen, wird konservativ eine
  vollstaendig vergleichbare Teilmenge ausgewaehlt. Ausgeschlossene Belege
  werden benannt. Es wird nicht die garantiert groesste Teilmenge ermittelt.
- Zweidimensionale metrische multidimensionale Skalierung (SMACOF), vier
  deterministische Startkonfigurationen, bis zu 700 Iterationen je Start.
  Die Punktpositionen werden nicht anhand von Gruppenlabels erzwungen.
  Die fertige Ansicht wird nur starr orientiert; Rotation ist bedeutungslos.
- Angezeigter Stress: Quadratwurzel aus der Summe quadrierter Distanzfehler
  geteilt durch die Summe quadrierter Originalabstaende. Kein unmittelbarer
  Prozentfehler jedes einzelnen Abstands. Hohe Werte bedeuten starke Verzerrung.
- Eigene Gauß-Kerndichte je Gruppe, gleiches Gesamtgewicht je Gruppe;
  gemeinsame Glaettungsbreite durch gruppeninterne Leave-one-out-Anpassung.
  Der Regler multipliziert diese Breite. Ausblenden veraendert weder die
  Koordinaten noch die Intensitaetsreferenz der verbleibenden Schichten.
- Die Farblaechen sind geglaettete Stichprobendichten. Sie sind keine
  Konfidenzintervalle und keine kalibrierten Wahrscheinlichkeiten eines
  vollstaendigen biologischen Variationspotenzials. Glaettung und Projektion
  koennen Ueberlagerungen erzeugen. Leere Bereiche sind nicht ausgeschlossen.
- Vergleichsgruppen sind keine durch die Berechnung nachgewiesenen Grundtypen.
  Aus Aehnlichkeit allein wird weder Abstammung noch unabhaengiger Ursprung
  behauptet. Die Anwendung berechnet keine zeitliche Entstehungsgeschichte.

TECHNISCHE HINWEISE
Die HTML-Datei ist eigenstaendig. Sie laedt keine Schriften, Bibliotheken,
Skripte, Trackingdienste oder KI-Dienste aus dem Internet nach.
Erst beim Anklicken einer Quelle wird deren Website im Browser geoeffnet.
Unter Windows ist dies eine portable Browser-Anwendung, keine native EXE.
Getestet wurden Rechenkern gegen die bisherige Referenzmatrix, JSON-Pruefung,
Formularereignisse, Projekt-Rundlauf, Exportdateien, sichere Textdarstellung
und Zwischenablage-Fallback in automatisierten DOM-/Canvas-Tests.
Ein vollstaendiger echter Browser-/Windows-Test steht noch aus: Die hier
verfuegbare Browser-Testumgebung blockierte den Zugriff auf lokale Dateien.

Dateien im ZIP: Variationsatlas.html, Starten.cmd, Anleitung.txt,
Beispiel_Haie_Rochen.json. Der vollstaendige Anwendungscode steht lesbar
in der HTML-Datei. Keine Installation und keine zusaetzlichen Laufzeitpakete.
